一个不可回避的问题是，既然国家已明确招收工程博士不收学费，可为何还有不少试点高校置规定于不顾，照样收费而且高收费呢?工程博士培养一起步就出现变异迹象，这表明我国大学的教育管理方面存在若干问题，需理清发展思路。

　　“工程博士”这一项目刚推出，舆论就担心会成为高管、高官们读博的便利通道，以及学校贩卖文凭的新途径。针对社会的质疑，国务院学位办曾明确要求“不得招收政府机关工作人员攻读工程博士专业学位”，但对高校是否收取高学费、让企业高管来混一张工程博士文凭的担忧，依然存在。

　　或许基于这一考虑，教育主管部门提出了免费的要求。但现在看来，有的高校工程博士的培养，正朝舆论担忧的方向发展——把工程博士搞成一个像EMBA那样的赚钱项目，让老总在EMBA拿硕士，再继续攻读工程博士，这样就“硕博一条龙”了。如此培养，恐怕难出“工程技术领域领军人才”。

　　那么，为什么一边规定免费，一边却收费?大致有两种可能。一是教育主管部门没有严格按不收费的原则进行监管、问责;二是国家对工程博士的培养经费下拨不够，培养学校觉得有困难，于是收起费来，主管部门也就睁只眼闭只眼。

　　另外，我国的学位是国家统一授予、承认的，这也就意味着，只要某一项目得到国家认可、能够颁发国家承认的文凭，培养质量反居其次。近年来，我国高等教育的整体质量出现下滑，在招生方面，不能严格坚持教育标准和学术标准;在培养中，不能做到严格要求;在学位授予方面，获得授权的学校，授予的则是国家承认的学历。这种教育管理、学位授予体系，为学校做文凭生意提供了空间。具体到工程博士项目中，由于是行政主导举办，学校“被动参与”，因此，在“统一安排”下，企业高管和高校打着各自的算盘——高管想得到博士学位，学校想得大把学费，而政府的责任则产生错位。

　　2010年颁布的 《教育规划纲要》明确指出，要“改变直接管理学校的单一方式，综合应用立法、拨款、规划、信息服务、政策指导和必要的行政措施，减少不必要的行政干预”。另外，随着我国高等教育规模的持续膨胀，包括硕士、博士数量每年招生规模已超50万人，不宜再实行学历由国家统一授予的制度，而应尝试“学校自主授予，社会承认”。如果一名学生拿到的硕士、博士文凭本身无关紧要，社会评价人才关注的又是能力和素质，那么，希望持续办学的学校，必定重视教育，而不是用文凭来忽悠学生，受教育者选择学校，也不会只关注一纸文凭，而会重视学校的教育质量。否则，任何新的“学位项目”、“学位品种”都不免异化，难以向社会培养有个性、能力突出的人才，成为“文凭工厂”贩卖的新品种。